In ordine alla cura dei, morti, la Misericordia avvertì presto la necessità di una cappella mortuaria, da servire principalmente per i defunti nell’ospedale. Intanto che si pensava al modo di procurarsi i fondi occorrenti, si chiese al vescovo di S. Miniato l’autorizzazione ad erigere la detta cappella. Al che il vescovo, in data 30 settembre 1865, acconsentì all’erezione della cappella mortuaria in luogo detto “Le Macine” per depositarvi le salme associate dalla Misericordia, alle condizioni che in essa. venisse eretto un piccolo altare con l’immagine di Gesù Crocifisso e che, una volta eretta e perfezionata la cappella, venisse visitata e benedetta dall’arciprete della chiesa collegiata.
La Misericordia, non disponendo di mezzi finanziari sufficienti, fece appello alla società costituitasi per fare un’edicola alla Madonna liberatrice dalla peste, affinché volesse permettere che la somma raccolta venisse impiegata nella costruzione della cappella mortuaria, obbligandosi per contro, la Misericordia, a spendere al momento opportuno altrettanta somma nella collocazione dell’immagine della Madonna, allorché avesse raccolti i mezzi per aprire un oratorio.
E poco appresso, la cappella mortuaria venne eretta, laddove esiste ancora, lungo la via Sotto la Valle.
Il 22 giugno 1876 il magistrato della Misericordia accolse l’istanza di Ranieri di Giovanni Menichetti, diretta ad ottenere di fare il guardiano della cappella per la sola ricompensa annua di poter falciare per proprio conto e interesse la poca erba che vegetava nell’annesso campetto, proponendosi in pari tempo di cingere con siepe viva di bossolo il campetto, per modo che nessuno potesse entrarvi e arrecare danni alla cappella e alle stesso campetto. A sua volta la Misericordia decise di. farvi collocare dei cipressi e di costruire a1l’entrata del campo due piccole colonne con un cancello metallico.
Più tardi, nel 1931, si pensò di cedere la cappella mortuaria all’ospedale di S. Pietro Igneo, per potervi trasportare i defunti nell’ospedale stesso in attesa di sepoltura, e se ne stabilirono le condizioni in questi termini:
1°) cessione della cappella al prezzo di lire 6.000;
2°) mantenimento in perpetuo del diritto dell’uso della cappella da parte della Misericordia;
3°) divieto dell’uso della cappella da parte di altre associazioni.
Successivamente, però, si cambiò il proposito di vendere la cappella in quello di affittarla all’ospedale, e se ne fissò il canone in lire 300 annue.
Il 25 agosto 1932 si stabilì anche la durata dell’affitto in tre anni rinnovabile secondo le comuni norme in materia. Ma nel 1955 si tornò a parlare della opportunità della vendita della cappella all’ospedale, fissandone questa volta il prezzo in lire 1.300.000 nell’intento di destinare tale somma all’acquisto di un’autoambulanza, di cui la Misericordia era rimasta priva da quando tutte le sue macchine vennero portate via dalle forze tedesche di occupazione della nostra patria. La suddetta operazione di cessione della cappella all’ospedale venne conclusa nel giugno 1956 mediante compromesso non ancora convertito in regolare contratto a distanza di 24 anni.